Починаючи з 60-х років в університеті ведеться підготовка інженерів-економістів на факультеті безвідривної форми навчання. Але в умовах ринкової економіки попит на фахівців економічного напрямку почав зростати. Тому з 1992 року почалася підготовка студентів за спеціальністю "Облік та Аудит" на факультеті "Управління процесами перевезень". До кінця 1994-95 навчального року по цій спеціальності навчалось більш 200 студентів.

У квітні 1995 року був затверджений навчальний план та отримана ліцензія на підготовку спеціалістів "Менеджмент організацій".

Керуючись Уставом університету, в цілях упорядкування учбової, методичної, наукової і виховної роботи наказом ректора університету від 28 червня 1995 року № 289 був утворений факультет "Економіка та менеджмент на транспорті". До складу факультету були підпорядковані кафедри "Економіка транспорту", "Облік та аудит", "Економічна теорія".

У 1995 році було здійснено прийом студентів на спеціальності «Облік та аудит» – 50 чоловік, у тому числі 25 чоловік на контрактній основі, на спеціальність «Менеджмент організацій» – 50 чоловік, з яких 25 чоловік зараховані на контрактній основі. Перший випуск студентів спеціальності «Облік та аудит» у кількості 47 чоловік відбувся в червні 1997 року, а за фахом «Менеджмент організацій» у 2000 р. Значну частину випускників розподілено на підприємства Міністерства транспорту та зв'язку України.

У даний час на факультеті навчається понад 500 студентів, більшість з яких на контрактній основі. За ці роки більш як 200 випускників факультету одержали дипломи з відзнакою.

В липні 2003 року з числа викладачів кафедри «Облік і аудит» була створена кафедра "Фінанси та банківська справа".

В 2007 році на факультет була передана підготовка студентів за спеціальністю «Інтелектуальна власність», а кафедра «Облік і аудит» отримала нову назву – «Облік, аудит та інтелектуальна власність».

Постійно удосконалюється матеріально-технічна база кафедр факультету. Створено предметні аудиторії, а при кафедрі "Економіка та менеджмент" (так кафедра "Економіка транспорту" іменується з 1996 року) працює комп'ютерний клас.

На кафедрах факультету працюють 57 викладачів, 9 професорів, 22 доценти, кандидатів економічних наук. Вчені факультету «Економіка та менеджмент на транспорті» постійно працюють над проблемами розвитку економіки транспорту, здійснюють підготовку аспірантів та докторантів. За всіма спеціальностями ведеться підготовка магістрів.

Факультет підтримує дружні зв'язки з родинними факультетами вузів регіону, України, країн СНД та світу. На факультеті навчаються іноземні студенти з Росії, Туркменістану, Китаю, Конго, Тунісу.